Janus van Zeegen studeerde aan de Academie in Amsterdam en kreeg daarnaast adviezen van zijn vrienden Jan Toorop en Jan Sluijters. In de beginjaren schilderde hij vooral onderwerpen uit de natuur, die hij vanaf 1912 steeds verder deformeerde tot visionaire verbeeldingen. In die tijd ging hij om met vooruitstrevende kunstenaars als Piet Mondriaan, Erich Wichman en Louis Saalborn. Van Zeegen exposeerde zijn werk bij moderne genootschappen, waaronder de Moderne Kunstkring (1912) en Het Signaal (1918). In de kunstkritieken uit 1913 wordt hij steevast om zijn ‘visionaire kracht’ en ‘visionaire tover’ geroemd.

Zelf noemde Van Zeegen zijn werk eerder ‘fantastisch’ dan abstract. Hij was een voorloper van de experimentele kunst door de – zoals hij dat zelf omschreef – ‘plastische beeldbewerking’ die hij toepaste vanaf circa 1916. Hij mengde daarbij allerlei natuurlijke materialen als antracietgruis, zand en marmerslijpsel door z’n olieverf. Soms gebruikte hij een gasbrander voor het bereiken van bepaalde effecten.

Janus van Zeegen werd getoond op de baanbrekende expositie Het Nieuwe Wereldbeeld. Het begin van de abstrakte kunst in Nederland, 1910-1925, die van 19 januari tot en met 28 februari 1973 gehouden werd in het Centraal Museum Utrecht en daarna doorreisde naar het Stedelijk Museum Schiedam en het Groninger Museum. Deze expositie schiep voor het eerst een helder beeld van de pioniers van de abstracte kunst in Nederland.

Signeerde: 'A. van Zeegen jr.' Graficus, wandschilder, schilder, tekenaar, pastellist, monumentaal kunstenaar (als schilder autodidact). Zoon van Adrianus van Zeegen, broer van Christine van Zeegen