Op 5 december 1887 wordt Jan Van Puyenbroeck in Antwerpen geboren als oudste in een gezin dat 14 kinderen zal tellen. Al jong moet hij thuis meewerken om zijn steentje bij te dragen, waardoor hij geen gelegenheid krijgt om naar school te gaan. Met volharding blijft hij zich gedurende zijn leven door zelfstudie ontwikkelen.

De Koninklijke Academie en het Hoger Instituut voor Schone Kunsten. Mogelijk heeft het poseren voor kunstenaars als de uit Drente afkomstige maar in Antwerpen werkzame Louis Albert Roessingh (1873-1951) en de beeldhouwer Frans Jozef Joris (1851-1914) zijn ideaal om kunstenaar te worden gestimuleerd. Op advies van de schilder Alfred Ost (1884-1945) gaat hij eerst ’s avonds en later overdag de Koninklijke Academie volgen en in 1908 wordt hij op het Hoger Instituut voor Schone Kunsten te Antwerpen toegelaten.

Op het Hoger Instituut voor Schone Kunsten raakt Jan Van Puyenbroeck bevriend met Kunstschilder Alphons de Cuyper (1887-1950). Zijn leermeesters zijn er Piet Verhaert (1852-1908), Juliaan de Vriendt (1842-1935), Frans van Leemputten (1850-1914) en Charles Mertens (1865-1919). Aan de stillevenschilders Eugeen Joors (1830-1910) en Jan Willem Rosier (1858-1931) heeft hij veel te danken.

De Prijs van Rome en van de Stad Antwerpen. In 1910 neemt hij deel aan de Prijs van Rome en wordt als tweede geplaatst. In 1913 krijgt hij de "Prijs van de Stad Antwerpen voor Schilderkunst".

De oorlogsjaren 1914-1918. Aan het begin van de Eerste Wereldoorlog vlucht Jan Van Puyenbroeck via Engeland naar het Nederland- se Zuid-Limburg. Daar vestigt hij zich in de oude watermolen van Rothem bij Meerssen. Hij ontmoet er de Haagse kunstenaar Willem van Konijnenburg (1868-1943), die een portret van hem tekent, en heeft er een groep leer- lingen, waardonder Matthieu Delnoz, Charles Eyck (1897-1983), Herman Koch (1902-1958), Harry Koolen (1904-1985), Jos Tielens (1886-1957) en Alfons Volders (1896-1974). Daarom wordt Jan Van Puyenbroeck wel als stichter van de Meerssense school betiteld.

In 1921 onderneemt Jan Van Puyenbroeck een studiereis naar Spanje met de kunstschilder Henri Houben (1858-1931). In de jaren 1930 maakt hij reizen naar Italië, Engeland, Oostenrijk en Duitsland.

Van 1926 tot 1942 woont en werkt Jan Van Puyenbroeck in de Antwerpse Zilversmidstraat, waar ook de schilders Louis Roessingh en Walter Vaes (1882-1958) hun atelier hebben. Buiten zijn opdrachten geeft hij privélessen en lessen aan de schetsclub op de Sint Nicolaasplaats het atelier "Akos", wat staat voor Antwerpse kunstenaars en oud-strijders. Met andere Antwerpse kunstenaars wordt de kunstenaars-club "Pictura" opgericht, waarmee hij exposeert.